Die angekündigten starken Gewitter brachten auch den Flugbetrieb am Flughafen Zürich durcheinander. Nach 20.54 Uhr, als ein Swiss-Flug nach Amsterdam abhob, konnte vorerst kein weiteres Flugzeug starten.

Mehrere Maschinen mussten ihren Startversuch abbrechen und kehrten zum Gate zurück, darunter auch Flüge nach Belgrad, Köln, Berlin und Zagreb. Landungen waren weiterhin möglich, aber es kam zu Verspätungen, da ab etwa 21.15 Uhr auf Piste 16 statt 14 gelandet wurde. Einige Maschinen, wie eine Easyjet aus Berlin, kehrten sogar direkt an ihren Ausgangspunkt zurück.

Ab 21.30 Uhr wurden viele Flüge umgeleitet. Maschinen, die ursprünglich nach Zürich fliegen sollten, landeten stattdessen in Basel, Stuttgart oder Mailand. Erst gegen 22.35 Uhr konnten die ersten Flüge wieder abheben, darunter ein EL AL-Flug nach Tel Aviv.

Aufgrund der Wetterlage wurden die Startzeiten verlängert, und es war geplant, die umgeleiteten Flüge noch in der Nacht nach Zürich zurückzuholen. Einige Flüge, wie jene nach London, Berlin, Rom und Barcelona, mussten jedoch annulliert werden. Ein Flug der Austrian Airlines nach Wien konnte erst mit erheblicher Verspätung abheben.

Wenn es am Flughafen Zürich blitzt, wird der so genannte «Handling Stopp» ausgelöst: Arbeiten im Freien werden zu gefährlich, und alle Mitarbeitenden müssen nach drinnen. Dies führt dazu, dass keine Maschinen mehr abgefertigt werden können und Starts ausgesetzt werden. Ob gelandet werden kann, hängt von den jeweiligen Wetterbedingungen ab.